Ремикс представляет собой один из первоначальных вариантов альбома «Get Back», которые не были реализованы из-за напряженных отношений участников группы с менеджментом, а также из-за внутренних распрей Пола Маккартни с Джоном Ленноном.
В «Let It Be… Naked» изменён порядок песен так, как это планировалось в неудавшемся «Get Back», в результате альбом приобрёл цельность, которой не было у «Let It Be». Полу Маккартни не нравился вариант песни «The Long and Winding Road», куда помимо желания участников группы были добавлены оркестр и хор[4][5], поэтому в ремикс была добавлена изначальная версия песни. Народная песня «Maggie Mae» и композиция «Dig It» были заменены песней «Don’t Let Me Down». При издании альбома были вырезаны диалоги участников группы, что стало одной из причин критики ремикса.
Дополнительный диск «Fly on the Wall» содержит обрывки песен и диалоги участников группы, записанных во время создания Let It Be. Некоторые диалоги, частично представленные в оригинальном альбоме, присутствуют здесь в более полном варианте.