Не согласен. CUE - всего лишь мета информация. как её использовать - личное дело каждого.
Однако благодоря вам нашел корень зла:

This mutiple file cue sheet, created by EAC, has gaps appended to the previous track, and is a favourite among users who rip to track files but wish to retain gap information. This format allows the user to retain gaps, but in a position in the track file that does not hinder playback. Unfortunately, this format is non-compliant, so applications that adhere to the specification, like foobar2000, will not be able to read it. EAC will obviously read these cue sheets, as will the CD burning application Burrrn.

Так что да, фиксить non-compliant CUE было идей не 100% правильной. Может надо было фиксить фубар
На форумах гидрогена написано что этот формат с нотпадом и калькулятором в руках можно перегнать в любой из приличных CUE-шных форматов, понимаемых фубаром и пр